Científicos del CIC de Salamanca desarrollan una nueva herramienta informática para analizar al detalle alteraciones genéticas en células cancerosas

El laboratorio dirigido por Xosé Bustelo, del Centro de Investigación del Cáncer de Salamanca, ha desarrollado una nueva herramienta informática, denominada ‘CiberAMP’, que permite analizar al detalle las alteraciones genéticas del genoma de las células cancerosas. Un avance publicado hoy en la revista Biology sobre el que informó este jueves el servicio de Comunicación de la Usal.

El autor principal de este trabajo, Rubén Casto, explicó sobre esta nueva herramienta, que es “de fácil utilización por cualquier usuario sin necesidad de tener grandes conocimientos de informática”, que da información sobre “el grado de correlación entre el cambio del número de copias de genes y sus niveles de expresión utilizando los datos genómicos disponibles para 33 tipos de tumores diferentes obtenidos tras el estudio de más de 11.000 pacientes”.

Además, según abundó, permite saber el “contexto genómico “de estas alteraciones genéticas, lo que “da una información muy valiosa para saber si estos genes alterados tienen funciones importantes en el desarrollo de estos tumores”. “Y es también muy flexible, puesto que con ella podemos estudiar un gen concreto en un tumor concreto o, alternativamente, miles de genes en cualquier tumor o grupo de tumores que queramos”, apostilló.

Como demostración de la utilidad de esta nueva herramienta bioinformática, el grupo de investigación utilizó el ‘CiberAMP’ para analizar el posible significado funcional de alteraciones genéticas ligadas al cambio en el número de copias de genes en un tumor cerebral denominado ‘glioblastoma’. Como apuntó el doctor Bustelo, director de este trabajo, “el uso del ‘CiberAMP’ permitió descubrir 74 genes que pueden tener un papel clave en el desarrollo de este tipo tumoral”. De ellos, 38 genes ya se sabía que participaban en este u otros tumores, “lo que es lógico dado el amplio número de estudios que se han realizado en cáncer en estas últimas décadas”. Sin embargo, los restantes 36 genes identificados son nuevos, “lo que hará que haya que centrarse en su estudio en los próximos años”.

Según añadió el doctor Lorenzo-Martín, segundo firmante del artículo, “lo interesante es que este tipo de estudios se puede hacer para cualquier otro tipo tumoral del que haya disponibles datos genómicos de un número significativo de pacientes, lo que hace que tenga un uso general por cualquier investigador u oncólogo”. Para facilitar este uso general, la nueva herramienta informática es de acceso público de forma libre. Y se puede instalar en cualquier ordenador.

El trabajo publicado es el resultado del trabajo del grupo de investigación liderado por Xosé Bustelo con la colaboración de los grupos de los doctores Víctor Quesada y Arkait Carracedo. Este trabajo, que se enmarca dentro de los objetivos del Programa de Mecanismos de Progresión Tumoral del Ciberonc, ha sido posible gracias la financiación procedente de Agencia Estatal de Investigación, el Instituto de Salud Carlos III, la Fundación La Caixa, Asociación Española de Investigación contra el Cáncer y la Consejería de Educación de la Junta de Castilla y León.