Estamos en julio de 1812, en lo más encarnizado de la Guerra de la Independencia que enfrenta a franceses y al ejército aliado comandado por el Duque de Wellington. Las tropas españolas y francesas se enfrentan en la ciudad de Salamanca. Wellington había entrado quince días antes en la ciudad sin encontrar mucha resistencia ya que el mariscal francés Marmont se había retirado con su ejército cerca de Fuentesaúco. Sin embargo, el francés había dejado una guarnición de 800 hombres atrincherados en tres fuertes en tres conventos: San Vicente, la Merced y San Cayetano. Lord Wellington se retira a cinco kilómetros de la ciudad, pero deja a la sexta división del general Clinton alojada en el Convento de San Francisco del Real, desde donde hostigaba al fuerte de San Vicente. Los franceses han rendido la ciudad. Es 6 de julio de repente una fuerte explosión se produce en la zona de San Blas y Peñuelas. El barrio desaparece bajo los escombros. Al parecer se trata de una explosión accidental, probablemente por un cigarro, del polvorín provisional de la calle de la Esgrima en el que las tropas aliadas guardan la munición. Caen edificios, desaparecen calles enteras y mueren 600 personas, muchas de ellas atrapadas bajo los escombros. “En muchos días no se oían más que lamentos… La gente de la ciudad, creyendo que se les caían las casas, salían la campo y en muchos días estuvieron desenterrando gentes, pues algunas se les oían gritar”. Faustino García, en un estudio sobre este convento guardado en la Biblioteca Digital de Capuchinos, recoge este testimonio escrito en el diario de una religiosa y recogido por la profesora de la Facultad de Geografía e Historia, María Nieves Rupérez.
Una “manta de fuego” que “quebró todas las vidrieras del refectorio y el claustro, quebró las puertas y los batidores de la reja de la iglesia, las del arco, las de la iglesia, sacristía, todas las hizo mil miajas”, continúa el relato. En las cartas de George Hennell (A Gentleman Volunteer. The Letters of George Hennell from the Peninsular War, 1812-13. William Heinemann) se recoge un relato de este momento. "La pólvora i municiones que se cojieron a los franceses en los Fuertes de S. Caietano y S. Bicente las metieron en unas paneras en la calle de la Esgrima para hirlas llevando a Ciudad Rodrigo. El día 6 de julio, día memorable para Salamanca se predió fuego a dicho almacén a las siete y media de la mañana por poca precaución en andar con ella i en averla puesto dentro del pueblo". El relato continúa con una narración en primera persona: "Me desperté cuando mi ventana se hizo añicos y enormes trozos de piedra comenzaron a caer sobre el tejado. Al principio pensé que los franceses habían vuelto a la ciudad, pero resultó ser que un centinela español se había puesto a fumar al lado de unos barriles de pólvora. La explosión destruyó las casas en cien metros a la redonda, y enterró bajo los escombros a todos sus habitantes. Toda la ciudad tembló. Yo estaba a unos quinientos metros del lugar de la explosión y me acerqué a ver los daños. Sacaron unos cuarenta o cincuenta muertos de debajo de los escombros, hombres, mujeres y niños".
Una destrucción total que alcanzó al convento de San Francisco ‘El Real’, que estaba situado entre el convento de las Agustinas Recoletas, la actual parroquia de La Purísima, hasta la Plaza de Fonseca y hasta la Plaza de San Blas. El campo de San Francisco era su huerta y también contaba con un hospital de pobres y peregrinos en la zona de la capilla de la Vera Cruz. Pero no fue el único que sufrió destrucción. En la Guerra de la Independencia desaparecieron también El Asilo de las Arrepentidas, el Colegio de San Pelayo (cuyos restos están en la Facultad de Geografía e Historia) el Colegio de Santa Cruz de Cañizares (cuya fachada se conserva en la calle Cañizal), el Colegio de Oviedo o San Salvador (ubicado en el actual Palacio de Congresos) el Colegio de Trilingüe (actual sede de la Facultad de Físicas) el Colegio de Cuenca, el Colegio del Rey, el Colegio de Alcántara, el Colegio de los Ángeles, el Colegio de Huérfanos, el convento de San Agustín (actualmente el Colegio Mayor Fray Luis de León) el convento de La Merced, el convento de San Vicente, el convento de San Cayetano y el convento de San Bernardo. Todo un barrio destrozado con una pérdida patrimonial irreparable.
De tanta destrucción se salvó una pequeña parte de las ruinas de gran cenobio de la orden franciscana. Desde el exterior del actual convento de San Francisco no observa ningún elemento de las ruinas que esconde junto a su patio. Hay que cruzar las puertas del convento, y tras la actual iglesia se puede disfrutar de un espectáculo patrimonial único que conserva la capilla mayor y una lateral, levantadas en el siglo XIV con sillares, algunos con marcas, ventanas ojivales, aleros con cabezas de hombres y animales y cubiertas con crucería sencilla en los tramos rectos y bóvedas de abanico en los testeros semihexagonales. En la bóveda quedan restos del retablo barroco del altar mayor, obra de Andrés García de Quiñones. En la capillita se abren huecos sepulcrales con arcos apuntados y trilobulados y en la central se conserva un retablo pétreo dieciochesco.
El magnífico claustro renacentista que existía en el convento no se ha conservado, solo han llegado hasta nuestros días algunos capiteles que se guardan en el convento moderno. La guerra, el abandono de los años posteriores hicieron el resto. Las ruinas actuales, consolidadas y cuidadas por la orden, son el mejor exponente de cuán importante fue este convento, fundado por uno de los primeros discípulos de San Francisco de Asís, fray Bernardo de Quintavalle, en el año 1231. Una década después, el infante don Fadrique, hijo del rey Fernando III ‘El Santo’, lo reedificó, acrecentándolo y embelleciéndolo. El convento llegó a albergar un gran número de religiosos, ocupando una gran parte de terreno y llegando a gozar al poco de ser fundado de más de 30.000 ducados de renta, según el documento de Faustino García. De él salieron numerosos mártires, santos, prelados, misioneros, doctores, confesores de reyes, tres generales de la Orden y cuatro teólogos que asistieron al Concilio de Trento.
